Las protagonistas de Futari wa Precure, Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro, son tan diferentes como dos personas pueden ser. Nagisa es la capitana del equipo de lacrosse, una amante de la comida y una enemiga de los deberes. A Honoka le encanta aprender, trabajar con el club de ciencias y ganarse el apodo de "La reina del conocimiento" de sus compañeros de clase. Sus vidas están desconectadas hasta que un día, cuando una misteriosa lluvia de estrellas los une.